Aunque logró sumar un punto en su visita a San Luis en la jornada 3 del Torneo Guardianes 2020, la directiva del Atlas, encabezada por Alejandro Irarragori, decidió dar por terminado el ciclo de Rafael Puente del Río como su director técnico.
Tampoco pesó ya esta vez el apoyo que supuestamente le había manifestado el plantel de jugadores, sobre todo porque ante la realidad de las cifras y la frialdad de los números, la gestión del ex-jugador, ex-actor y ex-comentarista, no le dejado nada positivo a los rojinegros que hoy están, aunque no haya descenso, en el último lugar de la tabla de cocientes. 
Rafa dirigió al equipo tapatío en 9 juegos de Liga y solamente ganó uno, empató el anterior y perdió en 7 ocasiones, sumando sólo 4 de 27 puntos disputados. 
Lo peor para Puente es que después de su desastroso último semestre con el Querétaro, con 7 derrotas seguidas, y ahora con el Atlas, la credibilidad de sus conceptos se ha ido a la basura pues solamente ha ganado 1 de sus últimos 16 partidos de Liga perdiendo 14, quedando muy lejano ya su innegable buen trabajo con Lobos BUAP, a los que ascendió al máximo circuito y con los que agradó a muchos en su debut entre los “mayores”.
Hoy fuera ya del Atlas, lo único que le queda al hijo del “Wama” es reflexionar sobre lo que ha hecho bien y lo que ha hecho mal y lo mejor sería que se acercara a quien le abra realmente los ojos para que no siga únicamente escuchando lo que desean sus oídos.